1、注册：新招收博士研究生凭录取通知书按规定日期到培养科和学院注册；在校生须在每学期开学后第一周内到学院注册。未按时注册报到者，取消本学期奖学金的评定资格。
      2、培养方案制定：博士研究生个人培养计划分为课程学习计划和论文研究计划。入学3周内在导师和指导教师小组指导下根据本学科培养方案制定课程学习计划和论文研究计划，并在研究生管理系统填写个人学籍信息、个人培养方案（纸质版是否需要填写，根据研究生处规定执行）。
     3、开题报告：在导师和指导小组指导下，于第2学期末放假前两周内，公开举行开题报告会。开题报告论证委员会由本学科 5人以上专家（一般要求副教授以上）组成，跨学科的论文选题应聘请相关学科的专家参加。论证未通过者可限期修改和复议，复议仍未通过者则终止培养。对于进行开题报告后更换题目者，须按照上述程序重新进行开题。
    4、学科综合考试：第2学期末放假前两周内进行。以一级学科或二级学科为单位组成考试小组，组长由博士生导师担任。资格考试采取笔试、口试和实践能力考核相结合的方式。笔试部分为本学科基础理论和专门知识的综合考试；口试由学生做工作和课题汇报、考核小组提问；能力考核是实验技术的考核。根据学生平时学习成绩、工作能力、基本知识掌握及发展潜力等因素，决定是否通过考试。学科综合考试必须取得笔试及格（60分以上）和所在考核小组专家2/3以上的人同意方为合格。学科综合考试通过者，方可进入论文制作阶段，综合考试不合格者，不得补考，予以退学。
    5、中期考核：第2学期初开学后两周内由学院授权导师组织博士研究生中期考核，中期考核要求研究生本人参加，未按时参加中期考核或中期考核达不到要求者，不能参加学位论文答辩，需经再次考核通过。中期考核距论文答辩的时间不得少于2年。
    6、论文研究进展报告：进入论文中期阶段后，由学科点组织博士生报告科研工作的阶段成果和存在的问题，听取建议，改进论文工作。博士生填写《甘肃农业大学攻读博士学位研究生论文工作中期检查表》，送交学院存档。
    7、学位论文答辩资格审查：博士研究生申请论文答辩前，由学院对其课程学习及各培养环节完成的情况进行全面审核，审核通过者方可获得答辩资格。
    8、论文评阅及答辩：博士学位论文的评阅由研究生处组织，实行“双盲”评阅。博士研究生须在论文答辩前1月提交学位论文3份。论文评阅通过后，由学院组织论文答辩。